Музей бере свій початок з невеликих колекцій, що зберігалися в Рішельєвському ліцеї, пізніше відомого як Новоросійський імператорський університет. До розвитку відділу з мінералами доклав максимум зусиль професор Р. Прендель. У 1933 році кабінет виріс до статусу повноцінного музею. У сучасному музеї відвідувачі можуть споглядати безліч природних мінералів і гірських порід, зібраних у верхніх шарах літосфери і основної частини гідросфери, а також їх синтетичні аналоги. Музей славиться багатою колекцією кам’яних і залізних метеоритів. Особливе місце відведено утворенням, витягнутим в 80-і роки з дна Світового океану. Також на стендах можна побачити мінерали з місцевих катакомб і печер. Тут регулярно проходять освітні та ознайомчі екскурсії для студентів.