Точна дата заснування невідома. Імовірно, монастир з’явився на стику XVI й XVII століть. Достеменно відомо, що перша дерев’яна церква в Межирічі була побудована князем Острозьким у першій половині XV століття. Через кілька років вона була спалена, а на її місці в 1454 році звели нову церкву з каменю, яка з часом стала монастирем. У зв’язку з постійними нападами іновірців було прийнято рішення поліпшити обороноздатність будівлі. Протягом багатьох десятиліть не припинялися роботи з огородження і створення спеціальних оборонних споруд. До 70-х років XVI століття були зведені кам’яні стіни з гострими зубцями, а поруч з’явився міст і вежа-дзвіниця. Усе це в підсумку було передано монахам ордену францисканців, які створили монастир.