Покровська церква за своєю архітектурою відноситься до тетраконхового типу храмів. Центральна квадратна частина увінчується високою вежею з куполом, з чотирьох сторін прибудовані менші напівкруглі споруди – конхи. Цей стиль в архітектурі був особливо популярний в країнах, що підтримують візантійську культуру. Згідно з дослідженнями українського вченого В. Вечерського, тетраконхові храми будувалися в Україні з 1755 по 1800 рік. І саме Чернігівська область стала центром їх спорудження. Якраз в цей період і будувалася церква в Ніжині. Точна дата будівництва не збереглася. За інформацією, отриманою зі старовинних документів, на початку XVII століття на місці Покровської церкви стояв дерев’яний православний храм Різдва Богородиці. В районі 1636 року храм було перебудовано. У 1757-1765 роках чернігівські купці зібрали кошти на будівництво нової кам’яної церкви, яка збереглася до наших днів. У радянські часи храм було зруйновано, багато оригінальних елементів розбиті і втрачені назавжди. У 1993 році почалося відродження Божої обителі, всією релігійною громадою збиралися гроші і велися ремонтні роботи, які закінчилися тільки у 2001 році.