Ця церква зведена на місці старого Трінітатського костела-монастиря. Історичні матеріали стверджують, що костел було побудовано у 1755–1758 роках. Орден ченців-трінітатців займався визволенням людей з турецького полону й у XVIII столітті знаходився у Збаражі. У 1786 році орден розпався й фактично припинив діяльність. З 1982 року приміщення переобладнали під краєзнавчий музей, а вже у 1990-х роках церква відновила свою діяльність. У 1995 році на фасаді будівлі була розміщена меморіальна дошка про те, що у 1926–1929 роках тут знаходилась читальня товариства "Просвіта".