Неодноразово монастир зазнавав нападів татар і турків. Свою діяльність храм провадив до радянських часів. Згодом його було перетворено в спортзал, ще пізніше – у виправну колонію для дітей, що залишилися без батьків. Потім наприкінці XX століття на його території було розміщено політехнічне училище для порушників закону. Згодом на його основі відкрили виправну колонію. У 1998 році храм передано греко-католицькій церкві. Реконструйовано його з допомогою працівників колонії, які зібрали кошти на реставрацію. Богослужіння після цього знову відбуваються, а також у костел було перенесено мощі Пратулинських мучеників із Польщі. З вікон храму відкривається краєвигляд на старе місто. Оскільки храм розміщено на території колонії, він працює для прихожан щонеділі з восьмої до десятої ранку.