Історія заснування села Малі Загайці бере початок ще в другій половині XIII століття. У XVI столітті на височині селища було споруджено замок, який згодом було зруйновано. Пізніше на цьому місці почалося будівництво православного монастиря. 1626 року на цій території була зведена головна церква монастирського комплексу – церква Святого Іоанна Милостивого, яка на той час виконувала також і функцію оборонної споруди. У вежі храму були прорізані бійниці, в верхній частині нефа влаштована бойова галерея. У нижньому ярусі знаходився головний вхід до храму. Найбільших руйнувань зазнав храм під час пожежі 1899 року. Тоді грозою було пошкоджено стіну, а купол вщент згорів. Із приходом радянської влади храм було повністю спустошено та розкрадено. 2006 року було вкрадено головну святиню церкви – старовинну чудотворну ікону Божої Матері (до сих пір її не знайдено). 1964 року монастир повністю закрили. Його відродження почалося лише 2001 року Сьогодні монастир разом із церквою Іоанна Милостивого є діючими і приймають парафіян.