У 1704 році Стефан домовився про будівництво храму з архітектором Григорієм Устимовим. Благовіщенський монастир споруджувався протягом 14 років. У 1721 року настоятель передав храму особисту, досить багату бібліотеку. Освячення обителі відбулося 22 липня 1716 року за участю самого митрополита Стефана, Київського митрополита, Переяславського і Чернігівського архієреїв. Благовіщенський храм побудований в стилі бароко. Усередині нього збережені ознаки розпису, які Стефан наказав виконати в 1722 році, перед смертю, віддавши монастирю свої останні грошові вклади. У 1797 році монастир постраждав від пожежі. Жителі Ніжина виступили проти його закриття. Реставрували храм в 1803-1823 роках. За часів радянської влади монастир був закритий і відновив свій статус лише в 1999 році.