Як і більшість тогочасних дерев’яних будівель, костел не раз горів і знову відбудовувався. Кам’яну його будову зводили в 1785–1787 роках – під час найбільшого розквіту Краковця наприкінці XVIII століття. 1854 року храм було освячено. 1939 року костел пошкодила пожежа, а в сорокових роках ХХ століття його закрила радянська влада, облаштувавши тут виробниче приміщення. Тільки в листопаді 2000 року в храмі, повернутому церкві, архієпископ М. Яворський освятив тимчасову каплицю і відновив богослужіння.