Музейні експозиції розташовані в трьох тематичних кімнатах. Численні історичні матеріали дозволяють відвідувачам простежити історію краю від часів глибокої давнини до наших днів. Зібрані матеріали розміщено в хронологічному порядку. Значну увагу приділено історії заснування села Нерубайки. Гордістю Нерубайського історико-краєзнавчого музею є українська традиційна матеріальна культура, яка детально відображена в численних матеріалах, фотографіях і документах. У музеї представлено велику колекцію зброї різних епох. Територіальна близькість села Нерубайки до сумновідомого урочища "Зелена брама" дозволила зібрати велику кількість експонатів часів Другої світової війни: зброю, обмундирування, особисті речі солдатів.