Перший Миколаївський храм міста Куп’янська був дерев’яним, його побудували в 1705 році, а кам’яний з’явився вже у 1852 році. Храм Святого Миколая збудували за рахунок пожертвувань прихожан і землевласника Апаршина. Церкву освятили та назвали на честь чудотворця Миколая. У 1932 році внаслідок низки історичних подій купол і дзвіницю храму зруйнували, а в центральному вівтарі вели торгівлю. Через пару десятків років його все-таки відкрили для богослужінь. У 1991 році було здійснено реконструкцію храму, завдяки якій йому повернули первинний вигляд.