Будівництво церкви почалося після закриття старого храму в Шатаві. Під час інспекції церков Поділля ієрей Скворцов вирішив об’єднати шатавський прихід з приходом з Маківки. Через деякий час у Шатаві, неподалік від цвинтаря, було закладено фундамент нової церкви. Архітектурна особливість храму полягає в його конструкції. Будівля має вигляд ротонди. Її внутрішні колони, з’єднані арками, встановлено по колу. Вони підтримують циліндричний світловий барабан. Завершує конструкцію купол. Обхідна галерея має плоске перекриття. У верхній частині храму, під карнизом знаходиться декоративна смуга з елементами рослинного орнаменту. Існує легенда, за якою за часів громадянської війни саме в церкві Іоанна Богослова Нестор Махно обвінчався зі своєю обраницею.