Залізнична станція Новгород-Сіверський була побудована в 1902 році при прокладанні Новозибківської під’їзної колії. До 1995 року станція була кінцевою на ділянці, потім залізничну колію було продовжено на 14 км до Пирогівки. У 2003 році за ініціативою президента України Л. Д. Кучми в Новгороді-Сіверському був побудований новий залізничний вокзал. На сьогоднішній день через станцію курсують два потяги далекого прямування і чотири електрички. Звідси без пересадок можна доїхати до Конотопа, Шостки, Сум (всі вокзали), Ворожби, Терещенської, Кролевця, Путивля, Білопілля.