Станція була побудована в 1901 році при відкритті залізниці Київ – Полтава. Першим начальником станції був селянин Федір Савич Смагліенко. Станція згадується в книзі "Моя участь у визвольній боротьбі 1917-1920 роках" Станимира Осипа. У 1994 році лінію, на якій розташована станція, електрифікували. Частина лінії Дарниця – Гребінка на відрізку Яготин – Гребінка довжиною лише 47 км проходить по території трьох областей: Київської, Черкаської та Полтавської. Станція Кононівка розташована на території Черкаської області, це фактично найпівнічніша точка області. На сьогодні через станцію Кононівка курсує 14 приміських потягів.