У 1839 році Волинська духовна консисторія звернулася до власника Низкиницького маєтку з клопотанням про проведення ремонту церкви, а також з проханням виділити церкві земельну ділянку для власних потреб. Власник маєтку не міг виділити кошти в необхідному обсязі, але він вказав владі на те, що при будівництві церкви початковим меценатом були виділені кошти на її подальше утримання, і що ці кошти можна було б використати для ремонту і придбання землі. Але в зв’язку з бюрократичними процедурами гроші на ремонт церкви отримати так і не вдалося, проте земельну ділянку церкві виділили. Приміщення церкви ставало все більш старим. У ХІХ столітті храм перебував у аварійному стані. Але в кінці ХІХ століття представники місцевої інтелігенції зацікавилися приміщенням храму як історичною цінністю. З тих пір і почалася боротьба людей з обставинами по відновленню церкви. Не пощадили приміщення церкви й дві світові війни, залишивши багато пошкоджень. У 70-х роках ХХ століття храм був відновлений, а з 1997 року на на його території знову починає свою діяльність чоловічий монастир. Зараз церква є діючою.