Історія монастиря починається ще в далекому XVII столітті. Тоді обитель була не в самому Шаргороді, а сусідньому селі Калинівка. У 1718 році Олександр Конецпольський відновив монастир і поселив у ньому ченців Ордена базиліан. Стіни монастиря пам’ятають і чинну духовну семінарію, й училище, і музей. З 1992 року він діяв як храм, а з 1996 року тут жили ченці. Ченці з Почаївської лаври подарували Миколаївському монастирю копію ікони Божої Матері. Архітектурний ансамбль включає дві церкви і соборний храм. Монастир діє вже понад десять років, а при монастирі працює школа дзвонарів.