Станція була урочисто відкрита ще в ХIХ столітті – 20 травня 1884 року. Спершу станція іменувалася Любомирівкою, а сучасну назву було присвоєно лише 20 років потому (в січні 1904 року) на честь А. А. Верховцева, першого начальника Катерининської залізниці. Значна модернізація і електрифікація станції Верхівцеве були реалізовані вже в радянські часи, в 1950 роки. Тоді ж тут були зведені нові будівлі депо для вагонів і локомотивів і енергодільниця. Останні масштабні ремонтні роботи на станції проводилися в 2004 році – були реконструйовані історична і пасажирська частини вокзалу, також станцію адаптували для потягів нового покоління.