На початку серпня 1941 року у Вергуни увійшли німецькі війська і пробули тут два роки і три з половиною місяці. За часів окупації фашисти влаштували справжній терор місцевого населення. Були сформовані господарства, де селяни змушені були виконувати важку роботу. Тут до них ставилися, як до рабів. Худобу у населення було реквізовано на потреби фашистської Німеччини. Дрібну домашню живність, овочі, зерно військові відбирали, прирікаючи тим самим селян на голодну смерть. 42 жителя Вергунов були вивезені в німецьку неволю. Фашисти розстрілювали і вішали людей за будь-яку провину, тому вони стали тікати в ліс до партизанів. Останні періодично влаштовували диверсії проти німців. Одну з таких диверсійних партизанських груп, що виконувала чергове бойове завдання, німці затримали у Вергунах. Тут їх після тортур і розстріляли. 16 грудня 1944 року село було звільнено від німців. Після звільнення багато жителів села поповнили ряди Радянської Армії. З тієї війни не повернулося 322 місцевих жителя. Їх імена викарбувані на меморіалі у центрі села, присвяченому полеглим воїнам.