Протягом тривалого часу єврейське населення піддавалося погромам і арештам, багато жителів загинуло, синагоги зносилися, але кладовище збереглося до наших днів. Під час Другої світової війни в Крижополі існувало єврейське гетто, в якому проживали в тому числі і депортовані євреї з Румунії. Центральна вулиця гетто за розпорядженням окупантів була вимощена плитами з єврейського кладовища. Після звільнення Крижополя від фашистів, загиблі в гетто румунські євреї були перепоховані на єврейському кладовищі.