На території станції Могилів-Подільський розміщені різні споруди: пасажирський вокзал, що складається з двох сталінських корпусів і одного сучасного, шляхові будиночки, технічні та господарські об’єкти. У будівлі вокзалу обладнаний комфортний зал очікування, є прикордонно-митний зал, каси з продажу залізничних квитків. На станції проводиться посадка і висадка пасажирів, продаж квитків на всі пасажирські поїзди, прийом і видача вантажів вагонними і дрібними відправками, а також в універсальних контейнерах.