Залізнична станція Вапнярка була заснована в 1870 році, в один час з відкриттям нової залізниці Жмеринка – Балта. У лютому 1899 року було прокладено ще одна лінія від Вапнярки до Христинівки, тоді станція Вапнярка стала вузловою. Незабаром тут було споруджено паровозне депо і вузькоколійка на Ямпіль (в 1990 роках її розібрали). Через станцію курсують потяги далекого прямування, приміські потяги, електрички та дизель-потяг. На станції розташоване просторе приміщення пасажирського вокзалу з комфортними залами очікування, кімнатою відпочинку, крамницями, касами.