У прирусловій частині річки Сейм збереглися заплавні листяні ліси віком 50–60 років: дуби заввишки до 18 м, ясени, інколи трапляється осика, в’яз, липа серцелиста і клен польовий. З травнистих рослин заказнику особливе зацікавлення викликає реліктовий вид – страусине перо, окремі екземпляри якого в заказнику бувають заввишки до 1,5 м. Більшу частину площ займають луки, частина з яких – зболотнілі, та багато водойм. Головною перлиною заказника є популяція тварини, занесеної до Міжнародної Червоної книги та Червоної книги України – хохулі. Зараз заказник – єдиний острівець її проживання, що залишився від колись розлогого ареалу. Мешкають у заказнику також бобри і безліч водоплавних птахів, з яких слід особливо виокремити лебідя-шипуна і гуску сіру. Найкращим рішенням для забезпечення охорони ландшафтів долини Сейму і фауни цієї території було б створення природного національного парку на базі Середньосеймського заказника.