Історія поселення Чернівці сягає своїм корінням в далеке ХV століття і тісно пов’язана з Польщею, до складу якої воно довгий час входило. Одним з відомих шляхетських родів, пов’язаних з цим населеним пунктом, є прізвище Маньківських, які спорудили тут свій сімейний склеп-мавзолей, давши йому ім’я рівноапостольної Марії Магдалени. Але це тільки одна з версій. Відповідно до іншої, церкву збудував на кладовищі місцевий священик Тимофій Пилин, уболіваючи про померлу малолітню дочку на ім’я Марія. Яка з двох історій є істиною, сьогодні сказати неможливо і навіть серед місцевих жителів з приводу історії виникнення каплиці немає єдиної думки. Стверджують, однак, що спочатку церква перебувала під католицькою єпархією, проте пізніше стала православною, причому саме тут, в мавзолеї, до будівництва нового храму в селищі, проходили всі церковні служби.