За час свого існування церква належала до чотирьох конфесій: до ордену Паулінів, Української греко-католицької, Російської православної та Української автокефальної церков. За час свого існування будівля не раз піддавалася пограбуванням і руйнуванням. Перший будинок не зберігся, тому що що в XVIII столітті був перебудований. У 1989 році настоятель храму Володимир Ярема прийняв рішення про перехід церкви під патріархат Української автокефальної православної церкви, після чого став патріархом УАПЦ і в 2000 році був похований у дворі костелу.