Спочатку в 1969 році були відкриті археологічний і палеонтологічний відділи музею. Надходження все нових численних експонатів призвело до створення зоологічного, ботанічного, лісового і екологічного розділів. Засновником музею і його першим керівником був талановитий художник, історик і краєзнавець Петро Домашенко. Завдяки його праці музей прикрашають фрески і картини, прекрасні вітражі, своєрідні в кожному залі особливі орнаменти підлоги, численні портрети вчених і краєзнавців, які присвятили свою діяльність вивченню природи та історії Канівщини. Екскурсія по музею продемонструє відвідувачам всю історію формування природи і людини в регіоні від періоду близько 60 млн років тому до сучасності. У теплу пору року відвідувачі музею можуть не тільки оглянути експозицію, а й в супроводі його співробітників протягом години пройти по одному з трьох екологічних маршрутів. У зимовий час в залі, розрахованому на 60 відвідувачів, можна подивитися науково-популярні фільми про діяльність Канівського природного заповідника.