Церква присвячена святому Онуфрію, але точно невідомо якому: Онуфрію Великому (440 рік) з числа отців християнської церкви або Онуфрію Мовчазному (XII століття), давньоруському святому. З питання дати спорудження храму думки експертів розійшлися. Одні вважають, що це кінець XVI століття, коли місто стало приватним володінням польських магнатів Калиновських. На думку інших – перша половина XVII століття. Під час турецької окупації Подільського воєводства (1672-1699 роки) церква була перероблена в мечеть, мінаретом служила оборонна вежа. 1683 року Гусятин був відвойований у турків польським шляхтичем Анджеєм Потоцьким. Під час Першої світової війни до церкви прибудували два бічних приміщення. У 1928 році була знищена оборонна вежа з бабинцем. У 1992-1993 роках в рамках реставраційних робіт фасади храму повністю покрили цементом і вона втратила свій древній вигляд.