У 1685 році на цьому ж місці побудували дерев’яну Покровську церкву, яка незабаром почала руйнуватися і її розібрали. У 1766-1772 роках тут звели сучасний кам’яний храм. Спочатку він був двох’ярусний з куполами грушоподібної форми, внутрішні приміщення були прикрашені оригінальною авторською ліпниною. Але велика пожежа на Подолі, яка сталася в 1811 році, завдала церкві серйозної шкоди. Пізніше її відновили вже як одноярусну. Оригінальні купола в стилі українського бароко замінили новими, напівсферичної форми, а дзвіницю реконструювали тільки через 19 років. Під час нацистської окупації Покровська церква стала місцем порятунку багатьох київських євреїв, яким допомагав священик Олексій Глаголєв. Дивно, але за радянських часів влада не закривала храм і навіть в повоєнний час він залишався чинним. У 1980-х роках в будівлі провели ґрунтовну реконструкцію, в ході якої церква знову стала двох’ярусною. Зараз вона належить Українській автокефальній православній церкві.