У 1949 році храм був закритий, в його стінах влаштували будинок культури. Лише в 1992 році церква була повернута віруючим. З того часу на пожертвування меценатів і парафіян храм ремонтується і відновлюється. Був перекритий церковний дах, оштукатурені стіни, відновлені куполи, встановлено іконостас, придбано церковне начиння, організовано опалення храму. Тут регулярно відбуваються богослужіння. У початку 2014 року вандали підпалили церкву, стіни вкрилися кіптявою від пожежі. Відновили вид храму парафіяни і небайдужі жителі Вільшанки, на чолі з настоятелем церкви отцем Іоанном Малетич. У середині листопада 2016 року у стіні церкви святителя Іоанна Милостивого з’явилася меморіальна дошка на згадку про священика, що служив тут у 1860-1904 роках, етнографа і історика Володимира Лобачевського. Саме він зібрав і зберіг у своєму "Літопису приходу села Вільшанки Святого Іоанна Милостивого церкви" відомості з 1773 по 1885 рік щодо історії краю не тільки в релігійному аспекті, а й з точки зору географії регіону і побуту його мешканців. Створили пам’ятний знак парафіяни храму за своєю ініціативою і на власні кошти, а освятив його настоятель церкви.