Значна частина заказника – Великоселецьке болото – одне з найбільших у регіоні. Воно являє собою комплекс мілководних озер, оточених високотравною рослинністю: очеретом звичайним, рогозом вузьколистим і кугою, або рогозом широколистим. У самих озерах багато типових для тутешніх місць водоростей. У старицях, яких багато в Малоселецькій частини заказника, ростуть білі водяні лілії. Ними харчуються ондатри й водяні щури. У чистій воді зустрічається водяна папороть – сальвінія плаваюча. Уздовж старих русел смугами зростає цікавий злак – манник великий із густими метельчатими суцвіттями. Назву рослина отримала завдяки своєму дозріваючому наприкінці літа солодкому їстівному насінню. Є біля стариць і специфічні підвищені ділянки із засоленим грунтом, покриті солелюбівимі рослинами. Озера і стариці Великоселецького заказника є чудовим місцем для гніздування водоплавних птахів.